Ce programme est mis en œuvre depuis 2012 autour de la faune du Parc, avec l'intervention de partenaires du Parc. Des carrés de 2 km de cotés ont été choisis de manière aléatoire et homogène sur les 3150 km2 du Parc pour y placer plusieurs points de relevés. Sur chacun d'entre eux sont inventoriés les oiseaux, les papillons de jour, les libellules ou les chauves-souris. Les méthodes d'inventaire utilisées par le Parc sont une déclinaison locale de protocoles nationaux bien connus et rassemblés aujourd'hui sous l'égide du programme du Muséum National d'Histoires Naturelles, le programme Vigie Nature.
A ce jour, 15 carrés sont suivis annuellement et permettent d’intégrer une bonne représentation des milieux naturels du Parc : forêt cultivé principalement, vallées, lagunes, airiaux, prairies, fossés, zones agricoles...
Ces suivis ont un objectif à moyen et long terme de suivre les tendances évolutives de la biodiversité à l‘échelle du territoire du Parc, identifier les groupes d'espèces liés spécifiquement aux milieux, qu'ils soient naturels, habités ou de production. Ces résultats pourront ainsi être utilisés pour évaluer les enjeux sur le territoire et orienter les actions et les décisions des élus.
L'ensemble des données est organisé au sein des bases de données faune du Parc et alimente directement le site public Faune Aquitaine.