Les richesses écologiques de l'ENS sont reconnues. Le site est inclus au sein de périmètres ZNIEFF (Zone Naturelle d'Intérêt Écologique Faunistique et Floristique) et Natura 2000 (site Natura 2000 "Lagunes de Saint-Magne et Louchats" et "Domaine départemental d'Hostens").

Le site est composé d'un chapelet de lacs, étangs, lagunes et zones humides, imbriqués dans un réseau hydrographique de ruisseaux, crastes et fossés.

Près de 20 % de la superficie de cet ENS est occupé par des habitats naturels à fort intérêt patrimonial à l'échelle européenne (landes humides, chênaies, végétations des tourbières, roselières à Marisque...).

De nombreuses espèces végétales et animales patrimoniales ont été observées sur le site ces dix dernières années : pour la flore, notons le Faux-cresson de Thore, le Rossolis intermédiaire, le Lycopode inondé et la Gentiane pneumonanthe par exemple ; pour la faune, la Loutre d'Europe, la Rainette ibérique, la Cistude d'Europe, le Fadet des Laîches et la Leucorrhine à front blanc ont par exemple été observés.

Pour profiter de cet environnement d'exception, plusieurs sentiers "découverte" ont été aménagés. Mais la nature est parfois très fragile ; pensez à rester sur les sentiers afin de la préserver !